Antecedentes: los marcadores moleculares genéticos de resistencia para mastitis bovina son una herramienta para el control de la enfermedad en rebaños lecheros. Los genes del Complejo Mayor de Histocompatibilidad y el Receptor tipo Toll 4 TLR4 son dos genes candidatos promisorios que justifica investigar. Objetivo: identificar asociaciones entre los genotipos del locus BoLA-DRB3 y del fragmento T4CRBR2 con la ocurrencia de mastitis subclínica. Métodos: 996 vacas lactantes de 32 hatos de las razas Holstein 80 , Holstein x Jersey 12,5 y otros cruces 7,5, fueron visitadas mensualmente por dos años, diagnosticadas para mastitis subclínica y genotipificadas para el segundo exón del DRB3 y para la región 2 de unión al correceptor del TLR4 T4CRBR2 por medio de las técnicas de Reacción en cadena de la polimerasa y de Longitud del polimorfismo del fragmento de restricción PCRRFLP. La asociación entre los alelos candidatos y la mastitis subclínica se midió por regresión logística.