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Objetivo. Determinar la frecuencia de infección por Cryptosporidium spp., mediante las tinciones de Ziehl-Neelsen y Auramina en terneros diarreicos de predios lecheros de la provincia de Valdivia. Comparar ambas pruebas diagnósticas y determinar la distribución geoespacial de las infecciones causadas por este protozoo. Materiales y métodos. Se estudiaron 221 muestras fecales de terneros diarreicos pertenecientes a 24 predios de la provincia de Valdivia. El procesamiento y análisis de las muestras se realizó mediante tinción de Ziehl-Neelsen (ZN) y Auramina (AU); y ambas técnicas se compararon mediante la prueba estadística de McNemar y su nivel de concordancia se determinó mediante índice kappa. Se generó además un mapa para determinar la distribución geoespacial de las infecciones por Cryptosporidium. Resultados. Del total de animales muestreados, 57.9% resultaron positivos a ZN, mientras que 55.6% fueron positivo para AU. En la prueba de McNemar no hubo diferencia significativa entre los métodos diagnósticos estudiados (p>0.05), en tanto el índice kappa determinó una concordancia buena entre ambas pruebas (k=0.73). Del total de predios georeferenciados el 100% resultó positivo a la presencia del protozoo; demostrándose que ésta parasitosis tiene una amplia distribución; sin embargo, dado este factor, no fue posible determinar asociaciones geoespaciales sobre la distribución de éste. Conclusiones. La frecuencia de infección por Cryptosporidium supera el 50% en los predios lecheros de la provincia de Valdivia. No hubo diferencia entre las técnicas Ziehl-Neelsen y Auramina con resultados concordantes. Fue posible detectar que el número de predios infectados corresponde al 100% de los predios analizados.