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Objetivo. Determinar y evaluar la diversidad genética de seis poblaciones de tilapia roja híbrida, con el propósito de evaluar el potencial beneficio de un futuro programa de mejoramiento adelantado en el Centro de Investigación para la Acuicultura (CENIACUA), Colombia. Materiales y métodos. Fueron genotipados un total de 300 individuos utilizando un grupo de 5 microsatélites fluorescentes. Las muestras se tomaron en 6 fincas diferentes en 4 departamentos de Colombia, representando una amplia variabilidad genética. Resultados. El número medio de alelos por locus por población fue de 8.367. La población 5 tuvo el número más alto de alelos por locus: 9.6, seguida de la población 4 con 9.4, población 2 con 9.2, población 3 con 8.0, población 1 con 7.2 y población 6 con 6,8 alelos. Los análisis de distribución de la variación genética fueron de (17.32%) entre las poblaciones mientras que dentro de las poblaciones fue de (28.55%), y entre los individuos fue de (54.12%). Los índices de diversidad estándar mostraron que la población 4 fue la más variable (media He=0.837) seguida de la población 1 (media He=0.728), población 3 (media He=0.721), población 5 (media He=0.705), población 2 (media He=0.690) y población 6 (media He=0.586). Todas las poblaciones mostraron desviaciones significativas de equilibrio de Hardy–Weinberg, debido principalmente a la falta de heterocigotos. Las frecuencias genotípicas de los locis UNH 106 de la población 5 y loci UNH 172 de la población 6 estuvieron en equilibrio de Hardy-Weinberg.